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La truffe de Bourgogne est-elle aestivum ?

Génétique - Phénotype - Epigénétique

mardi 15 février 2011, par Didier

Cet article que j’ai délaissé sur mon ordi depuis quelques temps va faire écho à un article du blog de Martine Sbolgi-Guinet.

Démontrer génétiquement que Tuber aestivum et Tuber uncinatum sont une seule et même espèce, est-ce que cela prouve que toutes ces truffes sont identiques ? Etrange formulation, en effet, mais je vais essayer de vous expliquer que… non !


Ces recherches impliquent des intérêts financiers, car si la génétique déclare de manière péremptoire que nous avons à faire à une seule et même truffe, ce sera faire fi des différences de parfum entre les truffes récoltées à la fin d’automne en zones froides qui ont eu le temps de mûrir délicatement et celles récoltées quasiment blanches en plein cagnard…

Imaginons que la science génétique déclare que nous sommes face à une seule et même espèce de truffe, cette conclusion va braquer les partisans d’une truffe de Bourgogne de qualité contre les pro-aestivum, et certains arnaqueurs s’engouffreront dans la brèche et vendront de la truffe blanche d’été toute l’année qui viendra d’on ne sait où… La conséquence sera une dépréciation d’un produit qui atteint une qualité optimale l’automne.

L’objectif de cet article est d’aller plus loin et d’alerter le lecteur sur le fait que, quoiqu’il en soit, le verdict génétique n’entérinera pas la question des variations morphologiques et des parfums de la truffe, mainte fois évoquée sur ce site.

N’étant pas dans le milieu de la recherche, je me pose tout de même des questions sur le « tout génétique » en biologie. Ne sommes nous pas en train de spécialiser les nouvelles générations de chercheurs en biologie de la truffe à n’avoir que les yeux rivés sur les moniteurs de leurs séquenceurs plutôt que de porter leur regard sur les richesses encore à découvrir dans les terres de truffière ? Savent-ils aussi de quoi on parle quand on évoque les nuances aromatiques ? Ont-ils voyagé, cuisiné et découvert l’étendue des parfums des truffes en France et à travers le monde ? Ne devrait-on pas commencer par analyser les parfums de toutes les espèces de truffes et chercher une classification olfactive (par zone géographique, par essences ou autre) avant de disséquer et d’analyser qu’une infime fraction d’ADN de truffe. La question de demain : comment ces parfums sont programmés génétiquement ?

Vérifier l’hypothèse que Tuber aestivum et Tuber uncinatum ont le même génome n’est-ce pas trop réducteur ? Ce sera une information nouvelle, mais quand bien même s’agirait-il d’une seule et même espèce, ceci n’explique en aucun cas que ces truffes sont toutes identiques sur le plan organoleptique. Il s’agit d’une autre question à ne pas confondre avec le séquençage.

On peut partager le même génome et être différent. Je pense aux plantes aromatiques qui, sous le même nom d’espèce, possèdent des morphologies, couleurs, parfums très différents en fonction de l’exposition et des sols.

Dire que c’est la même espèce, oui effectivement, on aura fait une avancée depuis A. Chatin en infirmant ses observations. Peut-être que Chatin s’est trompé sur les indicateurs caractérisant l’espèce, mais, d’où vient chez lui cette idée que cela pourrait être une espèce différente ? Les naturalistes du XIXe siècle avaient des connaissances encyclopédiques (empiriques) acquises tout au long d’une vie de voyageur observateur. La théorie de l’évolution n’est pas arrivée par les lois de Morgan mais par le regard curieux de Darwin…

Qui aura le dernier mot dans ce débat : le scientifique de laboratoire ou le botaniste de terrain, voire le gastronome ?

Comment étudier s’il existe vraiment des variations aromatiques entre les truffes en fonction du terroir ?

Je ne suis pas biologiste et encore moins généticien mais j’ai humé des centaines de truffes ’Tuber uncinatum’ (beaucoup moins de melano malheureusement). Certains exemplaires avaient des nuances aromatiques étonnantes que j’associe — c’est une hypothèse — aux apports biochimiques de l’arbre. C’est empirique bien sûr.

Je crois avoir lu il y a longtemps que le génome proprement dit (le code génétique qui nous constitue), ne peut être dissocié de son expression dans l’environnement ; pour les plantes ce sera un sol particulier, une vie macro et microscopique complexe.

Pour prendre une image : si le gène était un interrupteur et l’électricité son expression, le gène ne fonctionnera que s’il y a de l’électricité ! Un interrupteur sera inopérant tant qu’il n’y aura pas d’électricité. Certains gènes ne s’expriment jamais si l’environnement ne déclenche pas la fonction de ce gène. Parmi les exemples qu’on pourrait citer, j’ai entendu parlé de certaines espèces de poissons qui peuvent passer de femelle à mâle ou l’inverse sous l’effet d’une modification environnementales. [1]

Pour prendre une autre métaphore, écoutez comment la même partition musicale (ici le génome) est interprétée par des musiciens ou des orchestres différents (l’environnement). C’est ce que les spécialistes nomment variabilité épigénétique.

Je cite un extrait qui parle de l’épigénétique trouvé sur ce site «  On peut sans doute comparer la distinction entre la génétique et l’épigénétique à la différence entre l’écriture d’un livre et sa lecture. Une fois que le livre est écrit, le texte (les gènes ou l’information stockée sous forme d’ADN) seront les mêmes dans tous les exemplaires distribués au public. Cependant, chaque lecteur d’un livre donné aura une interprétation légèrement différente de l’histoire, qui suscitera en lui des émotions et des projections personnelles au fil des chapitres. D’une manière très comparable, l’épigénétique permettrait plusieurs lectures d’une matrice fixe (le livre ou le code génétique), donnant lieu à diverses interprétations, selon les conditions dans lesquelles on interroge cette matrice.  » Thomas Jenuwein (Vienne, Autriche)

On trouve aussi cette hypothèse ’épigénétique’ dans un article célèbre sur le net sur Les migrations post-glaciaires des truffes révélées par leur génome :

« (…) Cette structuration génétique des populations de Tuber melanosporum relance le débat sur l’origine des variations organoleptiques des fructifications. Les caractéristiques génétiques de la truffe pourraient bien se révéler aussi importantes que la nature du sol où se développe ce champignon(…) ». Vous avez bien entendu, ce serait 50/50 ? Le débat de l’inné et l’acquis, nous n’en sortirons jamais…

Je lisais cet article hier. Le génome de l’homme d’environ 28 000 gènes est dépassé par le génome d’une petite puce d’eau Daphnia pulex dont les propriétés particulières de ses gènes lui permettent une grande adaptation à des conditions environnementales variées, polluées, toxiques et qui font de cette puce d’eau un modèle intéressant en génétique.

Quand on sait aussi que l’homo sapiens a en commun 98,8 % des gènes avec les chimpanzés… C’est bien peu pour une grande différence morphologique !

Donc, vigilance… Il faut éviter absolument de tomber dans une simplification du résultat issue d’une technique de séquençage. Nous avons encore beaucoup à découvrir sur l’expression des gènes et l’adaptation à l’environnement.

Nos connaissances ne se fondent que sur nos hypothèses qui reposent sur nos propres observations et qui sont souvent elles-même limitées par nos champs de connaissances bien établis (formaté par notre expérience pour prendre un langage actuel). Si un chercheur est convaincu que c’est la même truffe, n’aura-t-il pas tendance à chercher à prouver que c’est la même espèce ? [2]. Et puis, méthodologie scientifique oblige, il faudra que d’autres équipes reproduisent ces expériences plusieurs fois pour être sûr.

Nous avons des outils aujourd’hui pour répondre à certaines questions et nous en aurons d’autres plus puissants demain qui nuanceront les résultats d’aujourd’hui.

DG, 16 février 2011.

- A écouter ou à lire un podcast intéressant, clair sur l’évolution et la notion (discutée) d’espèce où est invité M.A. Selosse. Il y a une partie (vers la fin) où sont évoquées les truffes et la trufficulture.

- Pour poursuivre sur la question des symbioses etc. vous trouverez des articles de vulgarisation scientifique de M.A. Selosse sur cette page : http://isyeb.mnhn.fr/annuaire-et-pages-personnelles/documentation/selosse-m-a-documents/Articles-de-vulgarisation

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P.-S.

Un article d’une chercheuse britanique indépendante traite de la question des variations de Tuber uncinatum : French, M.-A. Morphological variations of Tuber uncinatum linked to climatic conditions.

Documents joints

  • Document (PDF - 401.8 ko)

    Abstracts : First Conference on the « European » Truffle Tuber aestivum/uncinatum 6-8.11.2009, Faculty Centre of Biodiversity, University of Vienna - Membre honoraire Gérard Chevalier.

Notes

[1] Voir cet article. Je n’évoque pas ici les effets des perturbateurs endocriniens comme le DDT, PCB etc. qui relève d’une autre question.

[2] A méditer dans ce domaine ces deux concepts : l’effet Pygmalion et l’effet Mathieu…

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2 Messages de forum

  • Le tout génétique, ça me gène.

    27 mars 2011 21:11, par Francis Martin

    En effet, les marqueurs génétiques confirment que T. aestivum et T. uncinatum sont bien une seule et même espèce, laissant supposer que nous avons deux écotypes exprimant leur potentiel organoleptique (parfums et saveurs) dans des conditions environnementales différentes. La variabilité génétique, au sein d’une même espèce, peut cependant être importante et expliquer les variations de forme, couleur, parfums, … observées. Nos travaux sur le génome de la truffe noire du Périgord ont bien démontré une variabilité génétique importante au sein de cette espèce expliquant vraisemblablement les différences de saveurs observées entre les différentes origines géographiques. Nous sommes bien d’accord que génome et environnement sont d’égale importance. Enfin, rassurez-vous, les chercheurs de l’INRA travaillant sur la génétique de la truffe ne manquent pas une occasion de « caver » et de savourer les truffes.

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